По среде обитания все аквариумы условно можно разбить на несколько категорий: пресноводные, морские, солоноватоводные.

Пресноводные аквариумы - в них содержатся пресноводные рыбы и растения. Большинство аквариумистов отдают предпочтение именно этому типу аквариумов.

Морские аквариумы предназначены для содержания морских рыб и растений. Как правило, морской аквариум имеет большие размеры (от 400 л). Это связано с тем, что его обитатели обычно крупнее, чем обитатели пресноводных аквариумов. При подборе рыб для морского аквариума необходимо учитывать, что лучше уживаются виды, имеющие близкие размеры, сходные по поведению и условиям обитания. Предпочтительнее населять аквариум видами, обитающими на разных уровнях. Заселение морского аквариума производится из расчета 1 см длины рыбы на 5-8 литров воды. По сравнению с прочими, морской аквариум наиболее трудоемок в эксплуатации, так как содержание морских организмов требует поддержания условий, требования которых значительно выше, чем у пресноводных аквариумов. Требуется повышенное внимание к состоянию воды (плотность, кислотность, температура воды и пр.). Особенно сложно содержать рифовый морской аквариум. Эти аквариумы наиболее дорогие и сложные в эксплуатации. Уход за морским аквариумом требует специальных знаний, умения и опыта.

Солоноватоводный аквариум. Существуют некоторые виды животных и растений, которые обитают в особой (соленость воды не превышает 1-2%) среде, не часто встречающейся в природе. Это такие виды как топняк, криптокорина реснитчатая, солоноватоводно-морские диатомеи. Хвостоколовые скаты, многие виды живородящих рыб (например, гуппи, некоторые моллиенезии) встречаются не только в пресных, но и в солоноватых водах.