Донный фильтр закрепляется в грунте. Представляет собою пластину из пластика с большим количеством отверстий для прохода воды, помещенную на расстоянии 1-2 см от дна аквариума. На эту пластину кладется грунт.
Донные фильтры способствуют развитию полезных грунтовых микроорганизмов. Фильтрующий наполнитель нужно чистить раз в три месяца.
Схема донного фильтра с обратным током воды предположительно имеет большую эффективность по сравнению с обычным донным, поскольку закачиваемая под пластину вода "поднимает" грязь из фунта. Не следует использовать такой фильтр и в аквариуме с растениями.
Проблема заключается в том, что при такой фильтрации происходит вымывание питательных веществ из грунта, где они доступны корням растений, в воду.