Донный фильтр закрепляется в грунте. Представляет собою пластину из пластика с большим количеством отверстий для прохода воды, помещенную на расстоянии 1-2 см от дна аквариума. На эту пластину кладется грунт.

Желательно, чтобы грунт был не слишком плотным, иначе вода будет плохо циркулировать.

Донные фильтры способствуют развитию полезных грунтовых микроорганизмов. Фильтрующий наполнитель нужно чистить раз в три месяца.

Схема донного фильтра с обратным током воды предположительно имеет большую эффективность по сравнению с обычным донным, поскольку закачиваемая под пластину вода "поднимает" грязь из фунта. Не следует использовать такой фильтр и в аквариуме с растениями.

Проблема заключается в том, что при такой фильтрации происходит вымывание питательных веществ из грунта, где они доступны корням растений, в воду.